第一、银行经办助学贷款的积极性不高，存在着拒贷、惜贷现象。1999年5月30日教育部、财政部、中国人民银行下发的《关于国家助学贷款的管理规定(试行)》规定办理国家助学贷款的银行指定为中国工商银行、中国农业银行、中国银行、中国建设银行。在2004年《国务院办公厅转发教育部财政部人民银行银监会关于进一步完善国家助学贷款工作若干意见的通知》(国办发(2004)51号)颁布后，承办助学贷款的银行由政府按隶属关系委托全国和各省级国家助学贷款管理中心通过招投标方式确定国家助学贷款经办银行。参与竞标的银行必须是经银监会批准、有条件经办国家助学贷款业务的银行。按照《商业银行法》第4条规定：商业银行是独立核算、自负盈亏的企业法人。助学贷款本身具有很强的社会公益性质，贷款中的很多内容大部分并没有体现银行的意愿，比如贷款对象、无信用担保、延长还款期限等。因此，作为以盈利为主要经营目标的商业银行在考虑经营助学贷款的成本和收益比较的问题时，由于助学贷款的办理分散、贷款利率收益较低、贷款人缺乏信用担保、学生毕业之后的个人信息难以获得、催款成本等问题，很多银行办理助学贷款的积极性不高。

　　第二、部分地方政府和高校推行助学贷款的积极性不高。2004年通过的新助学贷款政策为鼓励银行积极开展国家助学贷款业务，按照“风险分担”原则，建立国家助学贷款风险补偿机制。按隶属关系，由财政和普通高校按贷款当年发生额的一定比例建立国家助学贷款风险补偿专项资金，给予经办银行适当补偿，具体比例在招投标时确定。这样风险就部分的转移到了地方政府和高校，地方政府和高校不仅需要对助学贷款的推广和管理付出一定的管理成本，还需要对助学贷款风险承担一定的成本，这造成部分地方政府和高等学校在助学贷款政策的实施上缺乏积极性。在2005年教育部新闻发布会上，教育部副部长点名批评海南、天津等八个省市助学贷款工作实施不理想，引起社会关注。

　　第三、部分贷款学生在还款期间存在违约行为。据有关方面调查，有近20%的贷款毕业学生不同程度地存在还款违约情况，国家助学贷款风险开始显现出来。2003年8月由中国人民银行下发的《关于下达2003年度国家助学贷款指导性贷款意见的通知》规定对违约率达到20%且违约人数达到20人的高校，经办银行可以停发助学贷款。根据这项规定，约有100多所高校被经办银行列入“黑名单”暂停助学贷款业务。造成这些问题的原因就是我国的个人信用征信监督机制不完善，全国联网的个人信用体系还没有建立起来，对诚信缺失行为也没有严格的惩罚机制。违约学生不会因为违约行为而影响其工作、求学和生活，所以在助学贷款违约行为的管理方面实际上处于无管理的状态。

　　第四、家庭没有在助学贷款的管理过程中发挥必要的协助作用。由于助学贷款不需要学生提供信用担保，因此当子女不还款时，家长不用承担任何责任。所以在助学贷款的管理和后期还款上，家长往往采取回避、责不归己的态度。但实际上助学贷款解决的是一个家庭的教育投资的问题，而且家长在对学生的个人信息的掌握上和对于子女的督促教育上会发挥重要的不可替代的作用。